上一部结尾尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命中弹复活后变成了无所不能的“救世主”他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰）舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安受到人们的热烈欢迎　　此时“母体”决定先下手为强派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”寻找“制钥者”准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题脱离了“母体”的控制拥有可怕的复制能力阻碍尼奥他们的行动